前期軟文我們整理了單細(xì)胞核測序（snRNA-seq）相對(duì)于單細(xì)胞測序（scRNA-seq）的一些優(yōu)勢，包括細(xì)胞類型多樣性，酶解偏好性，樣本類型（冰凍或者新鮮樣本），酶解產(chǎn)生的應(yīng)激性等方面。涉及的組織主要集中在腦，腎臟和心臟。
其實(shí)，snRNA 測序還有其他的優(yōu)勢，比如可以更好的研究基質(zhì)內(nèi)嵌的間充質(zhì)細(xì)胞；減少線粒體相關(guān)基因，管家基因的檢測；以及可以識(shí)別更多的 lncRNAs。
那么今天小編再跟大家分享兩篇關(guān)于 snRNA-Seq 在胰腺癌和肺組織中的應(yīng)用。
文章展示
眾所周知，胰腺癌樣本與其他類型的組織樣本相比，其核酸酶含量高、間質(zhì)致密，導(dǎo)致 RNA 質(zhì)量降低、活細(xì)胞數(shù)量減少，因此很難制備質(zhì)量合格的細(xì)胞懸液。
2020 年 8 月來自哈弗大學(xué)，麻省理工學(xué)院等多所研究機(jī)構(gòu)的研究人員對(duì)接受新輔助化療和放射治療以及未接受以上治療病人的冷凍保存的 PDAC 標(biāo)本（個(gè)別樣本保存長達(dá) 7 年）進(jìn)行了單細(xì)胞核測序。結(jié)果共獲得 138,547 個(gè)高質(zhì)量的細(xì)胞核數(shù)據(jù)，其中包含惡性腫瘤細(xì)胞，不同的免疫細(xì)胞，內(nèi)分泌細(xì)胞和腺泡細(xì)胞等。研究發(fā)現(xiàn)，SnRNA-seq 可以很好的檢測到惡性細(xì)胞，基質(zhì)細(xì)胞的組成在治療前后的差異，基底樣惡性細(xì)胞和分化狀態(tài)的細(xì)胞的富集。snRNA-seq 數(shù)據(jù)也有助于確定 PDAC 外分泌樣細(xì)胞和 ADEX 亞型是否真實(shí)存在，是否是來自正常組織的污染。
圖 ?snRNA-seq 的 PDAC 捕獲了具有代表性的細(xì)胞類型分布的惡性，上皮，免疫和間質(zhì)
此外，作者使用多路離子束成像（MIBI，Multiplexed?Ion?Beam?Imaging) 進(jìn)一步評(píng)估了 snRNA-seq 的結(jié)果，發(fā)現(xiàn) snRNA-seq 可以檢測到 PDAC 代表性的細(xì)胞類型及其相對(duì)比例。
圖 ? 與原位評(píng)估相比，snRNA-seq 捕獲有代表性的細(xì)胞類型分布
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2020 年 8 月來自圣路易斯華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)系肺科和危重護(hù)理科的研究團(tuán)隊(duì)同時(shí)做了 scRNA-seq，以及兩種不同方法提取的細(xì)胞核的 snRNA 測序，結(jié)果共得到 16,110 個(gè)單細(xì)胞核數(shù)據(jù)和 11,934 個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)。在同時(shí)考慮內(nèi)含子和外顯子的序列時(shí)，snRNA-seq 和 scRNA-seq 基因檢出率相似，snRNA-seq 的解離偏值降低。snRNA-seq 可以提高間充質(zhì)細(xì)胞，上皮細(xì)胞類型包括基底細(xì)胞和神經(jīng)內(nèi)分泌細(xì)胞的檢出率。相反，snRNAseq 在免疫細(xì)胞的檢測方面要低于 scRNA-seq。
本研究還指出，由于核 RNA 質(zhì)量難以評(píng)估，因此抑制 RNA 酶的活性是一種有效的方法，但是不同的組織中 RNA 酶的含量不一樣，因此在制備單細(xì)胞懸液時(shí)，要考慮 RNA 酶抑制劑的量，處理時(shí)間，溫度等因素。
圖 ? 細(xì)胞聚類 tsne 圖
參考文獻(xiàn)：
1、Hwang?W?L,?Jagadeesh?K?A,?Guo?J?A,?et?al.?Single-nucleus?and?spatial?transcriptomics?of?archival?pancreatic?cancer?reveals?multi-compartment?reprogramming?after?neoadjuvant?treatment[J].?bioRxiv,?2020.
2、Koenitzer?J?R,?Wu?H,?Atkinson?J?J,?et?al.?Single?nucleus?RNASeq?profiling?of?mouse?lung:?reduced?dissociation?bias?and?improved?detection?of?rare?cell?types?compared?with?single?cell?RNASeq[J].?bioRxiv,?2020.
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