前期軟文我們整理了單細胞核測序（snRNA-seq）相對于單細胞測序（scRNA-seq）的一些優勢，包括細胞類型多樣性，酶解偏好性，樣本類型（冰凍或者新鮮樣本），酶解產生的應激性等方面。涉及的組織主要集中在腦，腎臟和心臟。

其實，snRNA 測序還有其他的優勢，比如可以更好的研究基質內嵌的間充質細胞；減少線粒體相關基因，管家基因的檢測；以及可以識別更多的 lncRNAs。

那么今天小編再跟大家分享兩篇關于 snRNA-Seq 在胰腺癌和肺組織中的應用。

文章展示

眾所周知，胰腺癌樣本與其他類型的組織樣本相比，其核酸酶含量高、間質致密，導致 RNA 質量降低、活細胞數量減少，因此很難制備質量合格的細胞懸液。

2020 年 8 月來自哈弗大學，麻省理工學院等多所研究機構的研究人員對接受新輔助化療和放射治療以及未接受以上治療病人的冷凍保存的 PDAC 標本（個別樣本保存長達 7 年）進行了單細胞核測序。結果共獲得 138,547 個高質量的細胞核數據，其中包含惡性腫瘤細胞，不同的免疫細胞，內分泌細胞和腺泡細胞等。研究發現，SnRNA-seq 可以很好的檢測到惡性細胞，基質細胞的組成在治療前后的差異，基底樣惡性細胞和分化狀態的細胞的富集。snRNA-seq 數據也有助于確定 PDAC 外分泌樣細胞和 ADEX 亞型是否真實存在，是否是來自正常組織的污染。

圖 ?snRNA-seq 的 PDAC 捕獲了具有代表性的細胞類型分布的惡性，上皮，免疫和間質

此外，作者使用多路離子束成像（MIBI，Multiplexed?Ion?Beam?Imaging) 進一步評估了 snRNA-seq 的結果，發現 snRNA-seq 可以檢測到 PDAC 代表性的細胞類型及其相對比例。

圖 ? 與原位評估相比，snRNA-seq 捕獲有代表性的細胞類型分布

—— AUT??UMN ——??

2020 年 8 月來自圣路易斯華盛頓大學醫學系肺科和危重護理科的研究團隊同時做了 scRNA-seq，以及兩種不同方法提取的細胞核的 snRNA 測序，結果共得到 16,110 個單細胞核數據和 11,934 個單細胞數據。在同時考慮內含子和外顯子的序列時，snRNA-seq 和 scRNA-seq 基因檢出率相似，snRNA-seq 的解離偏值降低。snRNA-seq 可以提高間充質細胞，上皮細胞類型包括基底細胞和神經內分泌細胞的檢出率。相反，snRNAseq 在免疫細胞的檢測方面要低于 scRNA-seq。

本研究還指出，由于核 RNA 質量難以評估，因此抑制 RNA 酶的活性是一種有效的方法，但是不同的組織中 RNA 酶的含量不一樣，因此在制備單細胞懸液時，要考慮 RNA 酶抑制劑的量，處理時間，溫度等因素。

圖 ? 細胞聚類 tsne 圖

參考文獻：

1、Hwang?W?L,?Jagadeesh?K?A,?Guo?J?A,?et?al.?Single-nucleus?and?spatial?transcriptomics?of?archival?pancreatic?cancer?reveals?multi-compartment?reprogramming?after?neoadjuvant?treatment[J].?bioRxiv,?2020.

2、Koenitzer?J?R,?Wu?H,?Atkinson?J?J,?et?al.?Single?nucleus?RNASeq?profiling?of?mouse?lung:?reduced?dissociation?bias?and?improved?detection?of?rare?cell?types?compared?with?single?cell?RNASeq[J].?bioRxiv,?2020.

更多伯豪生物人工服務：