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轉(zhuǎn)眼 9 月已經(jīng)過去，小編在這里為大家精心上收集了以 DNA 甲基化研究為主題的新研究成果，截止現(xiàn)在，9 月以 DNA methylation 為關(guān)鍵詞檢索到的文獻一共有 603 篇，小編在這里為大家精心挑選了以下 6 篇作為重點分享，主要通過 850K 和 WGBS 研究二型糖尿病、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、神經(jīng)節(jié)旁瘤、亨廷頓舞蹈癥、上皮星形細胞瘤、吸煙對機體 DNA 甲基化修飾的影響等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文獻和高分綜述的研究方向、登刊時間、技術(shù)平臺和摘要等信息，讓您不用再費時費力搜索，就能輕松獲取 9 月新的 DNA 甲基化研究成果和動態(tài)，平均 IF>10。
標題：Epigenetic markers associated with metformin response and intolerance in drug-na?ve patients with type 2 diabetes
未接受過藥物治療的 2 型糖尿病患者中與二甲雙胍反應(yīng)和不耐受相關(guān)的表觀遺傳標記
時間：2020/9/16
單位：瑞典斯坎尼亞大學(xué)
期刊：Sci Transl Med 16.304
平臺：850K
摘要：
二甲雙胍是用于治療 2 型糖尿病（T2D）的一種藥物療法。但是，許多 T2D 患者對二甲雙胍的反應(yīng)或耐受性都不佳。當(dāng)前，沒有能夠成功預(yù)測對二甲雙胍的血糖反應(yīng)或耐受性的表型。作者通過分析未確診的 T2D 患者在診斷時的全基因組 DNA 甲基化，探索基于血液的表觀遺傳標記是否可以區(qū)分二甲雙胍反應(yīng)和耐受性。在測試人群中，血糖反應(yīng)者 / 無反應(yīng)者和二甲雙胍耐受 / 不耐受的患者分別有 11 和 4 個位點的 DNA 甲基化不同。這些位點的甲基化程度較高，對二甲雙胍無反應(yīng)或不耐受的風(fēng)險較高，且甲基化程度的比值比在 1.43 至 3.09 之間。血糖反應(yīng)者和無反應(yīng)者的 11 個已鑒定位點的甲基化風(fēng)險評分（MRS）有所不同，曲線下面積（AUC）為 0.80 至 0.98。二甲雙胍不耐受相關(guān)的 4 個位點的 MRS 產(chǎn)生的 AUC 為 0.85 至 0.93。這些基于血液的甲基化標記中反映了部分脂肪組織（糖尿病發(fā)病機理中的關(guān)鍵組織）的表觀遺傳模式，并且這些甲基化標記被注釋為具有改變二甲雙胍相關(guān)表型的肝細胞生物學(xué)功能的基因。總體而言，作者通過在未經(jīng)藥物治療的 T2D 患者中檢測血源性表觀遺傳標記，從而在診斷時區(qū)分血糖反應(yīng)者 / 非反應(yīng)者和受試者對二甲雙胍耐受 / 不耐受。可以進一步開發(fā)這種基于表觀遺傳學(xué)的工具，以幫助患有 T2D 的患者接受治療。
標題：Germline-driven replication repair-deficient high-grade gliomas exhibit unique hypomethylation patterns
生殖細胞驅(qū)動的復(fù)制修復(fù)缺陷型高級神經(jīng)膠質(zhì)瘤表現(xiàn)出獨特的低甲基化模式
時間：2020/9/8
單位：基督城醫(yī)院
期刊：Acta Neuropathol 14.254
平臺：450K 芯片、850K 芯片
摘要：
盡管高級神經(jīng)膠質(zhì)瘤（HGG）呈現(xiàn)出與致癌突變相對應(yīng)的 DNA 甲基化的特定模式，但在復(fù)制修復(fù)缺陷型腫瘤中尚未對此進行深入研究。作者利用 450 k 或 850 k 分析了復(fù)制修復(fù)缺陷（RRD）背景下的 51 個 HGG，并將這些與 HRG 進行比較。在神經(jīng)膠質(zhì)瘤基因（如 IDH1 和 H3F3A）中具有次級突變的 RRD HGG 顯示出與這些甲基化亞型相對應(yīng)的甲基化模式。對兩個比較集 HGG 隊列的獨立分析顯示，其他 RRD / 超突變腫瘤聚集在這些亞組中，這些結(jié)果表明未診斷的 RRD 可能正在此位置驅(qū)動某些 HGG 聚集。與其他癌癥中描述的 CpG 島甲基化表型相反，RRD HGG 顯示出獨特的 CpG 島甲基化表型。次級甲基化富集結(jié)果位于基因啟動子區(qū)域，在對細胞存活至關(guān)重要的基因和途徑（包括細胞周期，基因表達，細胞代謝和組織）中具有顯著的去甲基化作用。這些數(shù)據(jù)表明，甲基化陣列可為 RRD HGG 的檢測提供診斷信息。
標題：The immunohistochemical, DNA methylation, and chromosomal copy number profile of cauda equina paraganglioma is distinct from extra-spinal paraganglioma
神經(jīng)節(jié)旁瘤的免疫組織化學(xué)，DNA 甲基化和染色體拷貝數(shù)特征與脊柱外神經(jīng)節(jié)瘤不同
時間：2020/9/6
單位：加利福尼亞大學(xué)舊金山分校
期刊：Acta Neuropathol 14.254
平臺：850K 芯片
摘要：
神經(jīng)節(jié)旁瘤是自主神經(jīng)系統(tǒng)的神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤，其臨床功能各不相同，并且具有轉(zhuǎn)移的潛力。遺傳綜合征的發(fā)生率高達 40%， 常見的原因是琥珀酸脫氫酶（SDHx）基因的種系突變。在免疫組織化學(xué)上，副神經(jīng)節(jié)瘤的特征是 GATA3 陽性和細胞角蛋白陰性，在大多數(shù)遺傳病例中 SDHB 表達喪失。相比之下，馬尾區(qū)（CEP）或 FI 末端區(qū)域中罕見的神經(jīng)節(jié)旁瘤已被證明是激素沉默的，臨床上具有惰性，且具有可變的角蛋白表達，表明這些腫瘤可能代表了單獨的病理實體。作者對 11 位男性和 6 位女性患者的 17 個 CEP 進行了回顧性評估，中位年齡為 38 歲（范圍 21-82），沒有神經(jīng)內(nèi)分泌瘤的家族史。17 種腫瘤中有 6 種表現(xiàn)出明顯的神經(jīng)節(jié)細胞或神經(jīng)節(jié)神經(jīng)瘤分化。通過免疫組織化學(xué)，沒有一個 CEPs 顯示出 GATA3 陽性或 SDHB 染色消失。所有 17 個 CEP 均為細胞角蛋白陽性。對 12 個腫瘤進行了全基因組 DNA 甲基化分析，并與可公開獲得的全基因組 DNA 甲基化數(shù)據(jù)進行了比較。聚類分析表明，CEPs 形成了一個獨特的表觀遺傳組，與脊柱外部位的神經(jīng)節(jié)旁瘤，嗜鉻細胞瘤和其他神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤分開。拷貝數(shù)分析顯示大多數(shù) CEP 中存在二倍體基因組，而椎旁神經(jīng)節(jié)瘤大多為非整倍體。這些發(fā)現(xiàn)表明，CEP 可能代表一個獨特的實體，但需要進一步的基因組研究來進一步闡明這些腫瘤的分子發(fā)病機理。
標題：DNA methylation study of Huntington's disease and motor progression in patients and in animal models
患者和動物模型中亨廷頓舞蹈病和運動進展的 DNA 甲基化研究
時間：2020/9/10
單位：加利福尼亞大學(xué)洛杉磯分校
期刊：Nat Commun 12.121
平臺：850K 芯片、RRBS
摘要：
雖然亨廷頓舞蹈病（HD）在孟德爾遺傳病中已經(jīng)研究的很深入，但其相關(guān)的表觀遺傳學(xué)的改變還不清楚。這篇文章中，作者研究了來自小鼠亨廷頓（Htt）基因敲入模型、轉(zhuǎn)基因 HTT 綿羊模型和人，這 3 個物種中 6 個不同組織中的 DNA 甲基化水平。作者對人類血液的表觀基因組范圍的關(guān)聯(lián)研究（EWAS）顯示，HD 突變狀態(tài)與 33 個 CpG 位點顯著相關(guān)（p <10 -7），其中包括 HTT 基因（p = 6.5×10 -26）。在 Q175 Htt 敲入小鼠模型中 Htt / HTT 關(guān)聯(lián)性為 p = 6.0×10-8，轉(zhuǎn)基因綿羊模型中關(guān)聯(lián)性為 p = 2.4×10 -88。作者基于多種臨床數(shù)據(jù)提供了一種在多個顯現(xiàn) HD 病例中評價 HD 不同階段的方法。在顯現(xiàn) HD 的病例中，EWAS 結(jié)果顯示 HD 病例與鄰近 PEX14（p = 9.3×10 -9），GRIK4（p = 3.0×10 -8）和 COX4I2（p = 6.5×10 -8）三個位點的甲基化水平表現(xiàn)出顯著的關(guān)聯(lián)（p <10 -7）。這些結(jié)果表明，在三種哺乳動物中都存在 HD 能夠顯著改變 DNA 甲基化水平。
標題：A cell-type deconvolution meta-analysis of whole blood EWAS reveals lineage-specific smoking-associated DNA methylation changes
全血 EWAS 的細胞類型反褶積薈萃分析揭示了譜系特異性吸煙相關(guān)的 DNA 甲基化變化
時間：2020/9/22
單位：中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所
期刊：Nat Commun 12.121
平臺：850K、GEO 數(shù)據(jù)庫
摘要：
許多表觀基因組廣泛關(guān)聯(lián)研究（EWAS）報道了全血中與吸煙相關(guān)的 DNA 甲基化高度可復(fù)制。這些表觀遺傳學(xué)改變可能對理解和預(yù)測吸煙相關(guān)疾病的風(fēng)險具有重要意義。為此，重要的是確定這些 DNA 甲基化變化是否在所有血細胞亞型中發(fā)生或它們是否是細胞類型特異性的。在這里，作者應(yīng)用細胞類型反卷積算法來識別七個大型 EWAS 中的細胞類型特異性 DNA 甲基化信號。作者發(fā)現(xiàn)，大多數(shù)高度可復(fù)制的與吸煙相關(guān)的低甲基化信號在髓系中更為突出。薈萃分析進一步確定了與髓樣特異性吸煙相關(guān)的甲基化特征，該特征在急性髓樣白血病中富含 DNase 敏感位點。
標題：Pilocytic astrocytoma demethylation and transcriptional landscapes link bZIP transcription factors to immune response
毛細胞星形細胞瘤脫甲基和轉(zhuǎn)錄環(huán)境將 bZIP 轉(zhuǎn)錄因子與免疫反應(yīng)聯(lián)系起來
時間：2020/9/29
單位：德國海德堡癌癥研究中心
期刊：Neuro Oncol 10.247
平臺：WGBS
摘要：
上皮星形細胞瘤（PA）是常見的小兒腦腫瘤。盡管對基因組和轉(zhuǎn)錄組的情況進行了充分的研究，但缺乏完整的甲基化組，腫瘤細胞組成和免疫浸潤的數(shù)據(jù)。作者檢測了 9 個 PA 和 16 個對照樣品的全基因組亞硫酸氫鹽序列（WGBS）數(shù)據(jù)，并整合了 154 個 PA 和 57 個對照甲基化陣列數(shù)據(jù)。使用 49 個 PA 和 11 個對照樣品的 RNA 序列數(shù)據(jù)以及 248 個 PA 和 28 個對照的基因表達陣列來評估轉(zhuǎn)錄活性。部分甲基化結(jié)構(gòu)域的 DNA 甲基化模式表明，在腫瘤發(fā)生過程中，甲基化組具有很高的穩(wěn)定性。使用甲基化芯片數(shù)據(jù)比較了腫瘤和下，上鞘膜上位置的對照組織，發(fā)現(xiàn)了位點特異性的模式。WGBS 數(shù)據(jù)的分析顯示，與對照組織相比，PA 中有 9381 個顯著差異的甲基化區(qū)域（DMR）。發(fā)現(xiàn)五個不同的 TF 家族的增強子和轉(zhuǎn)錄因子（TF）家族富含 DMR。甲基化以及基于基因表達數(shù)據(jù)的計算機組織反卷積分析表明 PA 中免疫細胞浸潤具有顯著變化。TF 網(wǎng)絡(luò)分析表明，bZIP 轉(zhuǎn)錄因子與參與免疫相關(guān)過程的基因之間存在調(diào)節(jié)關(guān)系。作者為局部甲基化差異和差異基因表達與免疫浸潤之間的聯(lián)系提供了證據(jù)。
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