11 月份單細(xì)胞測序相關(guān)文獻(xiàn)共收集到 42 篇（IF>9），文末列表中列出文獻(xiàn)發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺等信息，接下來先看看其中 5 篇。

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【標(biāo)題】人類肺單細(xì)胞 RNA 測序的分子細(xì)胞圖譜

【平臺】Smart-seq2，10X

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時(shí)間】2020-11-18

【摘要】雖然單細(xì)胞 RNA 測序研究已經(jīng)提供了細(xì)胞表達(dá)譜的報(bào)道，但要系統(tǒng)地識別和定位單個器官中的所有分子細(xì)胞類型以創(chuàng)建完整的分子細(xì)胞圖譜一直是困難的。本研究中，研究者使用基于液滴和平板的單細(xì)胞 RNA 測序，對所有肺組織和循環(huán)血液中的大約 75,000 個人類細(xì)胞進(jìn)行測序，結(jié)合多種細(xì)胞注釋方法，創(chuàng)建了一份人類肺的廣泛細(xì)胞圖譜。研究者定義了人類肺中 58 個細(xì)胞群體的基因表達(dá)譜和解剖位置，包括 45 種已知細(xì)胞類型中的 41 種和 14 種以前未知的細(xì)胞類型。這份全面的分子圖譜確定了肺細(xì)胞的生化功能以及轉(zhuǎn)錄因子和用于制造和監(jiān)測它們的標(biāo)記物；確定循環(huán)激素的細(xì)胞靶點(diǎn)，并預(yù)測了局部信號相互作用和免疫細(xì)胞歸巢；并確定了直接受肺部疾病基因和呼吸道病毒影響的細(xì)胞類型。通過比較人類和小鼠的數(shù)據(jù)，研究者確定了 17 種在肺進(jìn)化過程中獲得或丟失的分子細(xì)胞類型，以及其他表達(dá)譜發(fā)生顯著變化的分子細(xì)胞類型，這揭示了器官進(jìn)化過程中細(xì)胞類型和細(xì)胞類型特異性基因表達(dá)的廣泛可塑性和特定于細(xì)胞類型的基因表達(dá)。這份圖譜為研究肺細(xì)胞的特性、功能和相互作用如何在發(fā)育和組織工程中實(shí)現(xiàn)，以及在疾病和進(jìn)化中如何改變提供了分子基礎(chǔ)。

【標(biāo)題】頭頸癌患者 HPV 特異性 B 細(xì)胞應(yīng)答的確定

【平臺】10X

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時(shí)間】2020-11-18

【摘要】腫瘤通常含有 B 細(xì)胞和漿細(xì)胞，但這些腫瘤內(nèi) B 細(xì)胞的抗原特異性尚不清楚。本文中，研究者發(fā)現(xiàn)在人類乳頭瘤病毒（HPV) 陽性的頭頸癌患者的樣本中可以檢測到 HPV 特異性的 B 細(xì)胞反應(yīng)，并原位產(chǎn)生 HPV 特異性的 IgG 抗體。HPV 特異性抗體分泌細(xì)胞（ASCs) 存在于腫瘤微環(huán)境中，招募來的流感病毒特異性 ASCs 較少，提示有局部和抗原特異性的 ASC 反應(yīng)。HPV 特異性 ASC 反應(yīng)與血漿 IgG 效價(jià)相關(guān)，并針對 HPV 蛋白 E2、E6 和 E7，其中對 E2 的反應(yīng)明顯。利用腫瘤內(nèi)的 B 細(xì)胞和漿細(xì)胞，研究者產(chǎn)生了幾種 HPV 特異性的人類單克隆抗體，這些抗體表現(xiàn)出高度的體細(xì)胞超突變，與慢性抗原暴露相一致。單細(xì)胞 RNA 測序分析檢測到腫瘤微環(huán)境中激活的 B 細(xì)胞、生發(fā)中心 B 細(xì)胞和 ASCs。與腫瘤實(shí)質(zhì)相比，B 細(xì)胞和 ASCs 優(yōu)先定位于腫瘤基質(zhì)中，并具有活化 B 細(xì)胞形成的簇，這表明生發(fā)中心反應(yīng)正在進(jìn)行。總的來說，研究者發(fā)現(xiàn)在腫瘤微環(huán)境中可以發(fā)現(xiàn)抗原特異性激活的生發(fā)中心 B 細(xì)胞以及漿細(xì)胞。這些發(fā)現(xiàn)為人類癌癥中的體液免疫反應(yīng)提供了更好的理解，并提示可以利用腫瘤浸潤性 B 細(xì)胞開發(fā)治療劑。

【標(biāo)題】體內(nèi) Perturb-Seq 揭示與自閉癥風(fēng)險(xiǎn)基因相關(guān)的神經(jīng)元和神經(jīng)膠質(zhì)異常

【平臺】10X

【期刊】Science（IF=41）

【時(shí)間】2020-11-27

【摘要】通過人類遺傳學(xué)研究確定的疾病風(fēng)險(xiǎn)基因和位點(diǎn)的數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過系統(tǒng)研究其功能的能力。研究者開發(fā)了一種體內(nèi)大規(guī)模的遺傳功能研究技術(shù) Perturb-Seq，這個方法檢測了 35 個自閉癥譜系障礙 / 神經(jīng)發(fā)育延遲（ASD/ND）新發(fā)的喪失功能的風(fēng)險(xiǎn)基因。研究者利用 CRISPR-Cas9 在這個 35 個風(fēng)險(xiǎn)基因中引入移碼突變，隨后轉(zhuǎn)染進(jìn)子宮內(nèi)發(fā)育的小鼠大腦中，

然后對出生后大腦中受到干擾的細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞 RNA 測序。研究者從神經(jīng)元和神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞分類中鑒定了細(xì)胞類型特異性和進(jìn)化保守的基因模塊。這些風(fēng)險(xiǎn)基因的擾動會影響到神經(jīng)發(fā)育過程中反復(fù)出現(xiàn)的基因模塊和細(xì)胞類型，證明這些風(fēng)險(xiǎn)基因?qū)﹃P(guān)鍵細(xì)胞過程的影響。體內(nèi) Perturb-Seq 使他們能夠研究各種突變?nèi)绾斡绊懓l(fā)育中生物的細(xì)胞類型和狀態(tài)。

【標(biāo)題】將畸胎瘤作為人類多譜系發(fā)育模型

【平臺】10X

【期刊】Cell（IF=36.2）

【時(shí)間】2020-11-4

【摘要】研究者認(rèn)為畸胎瘤是鑒定干細(xì)胞多能性的公認(rèn)標(biāo)準(zhǔn)，可能是研究人類發(fā)育過程的一個很有前途的平臺。對來自 4 個細(xì)胞系的 23 個畸胎瘤的 179,632 個細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞 RNA 測序（RNA-seq)，研究者發(fā)現(xiàn)畸胎瘤在所有 3 個胚層中可包含約 20 種細(xì)胞類型，畸胎瘤間細(xì)胞類型的異質(zhì)性與器官系統(tǒng)相媲美，畸胎瘤腸道和腦細(xì)胞類型與相似的胎兒細(xì)胞類型非常吻合。此外，細(xì)胞條形碼驗(yàn)證了注射的干細(xì)胞能夠牢固地植入，并對所有譜系做出貢獻(xiàn)。研究者利用 CRISPR-Cas9 進(jìn)行基因敲除篩查，結(jié)果發(fā)現(xiàn)畸胎瘤可以同時(shí)分析所有胚層的遺傳干擾的影響。此外，他們還證明，畸胎瘤可以通過 microRNA(MiRNA) 調(diào)節(jié)的自殺基因表達(dá)來形成分子模型，以豐富特定組織。總而言之，畸胎瘤是建模多譜系發(fā)育、泛組織功能基因篩查和組織工程的一個很有前途的平臺。

【標(biāo)題】揭示角質(zhì)細(xì)胞的增殖和遷移對鼓膜維持的貢獻(xiàn)

【平臺】10X

【期刊】Cell Stem Cell（IF=21.6）

【時(shí)間】2020-11-11

【摘要】鼓膜（TM) 對聽力至關(guān)重要，需要持續(xù)清除細(xì)胞碎片，但對 TM 表皮的穩(wěn)態(tài)機(jī)制知之甚少。研究者利用單細(xì)胞 RNA 測序、譜系追蹤、全器官移植和活細(xì)胞成像技術(shù)，發(fā)現(xiàn)穩(wěn)態(tài) TM 表皮有別于其他表皮部位，具有離散的增殖區(qū)以及多個角質(zhì)形成細(xì)胞群體的 3D 結(jié)構(gòu)。TM 干細(xì)胞散在分布于鼓膜，并產(chǎn)生長壽克隆和定形祖細(xì)胞（CP)。CP 克隆表現(xiàn)側(cè)向遷移，其增殖能力得到 PDGFRA+ 成纖維細(xì)胞的調(diào)控產(chǎn)生遷移性。人類 TM 的單細(xì)胞測序揭示了相似的細(xì)胞類型和轉(zhuǎn)錄進(jìn)程。因此，在穩(wěn)態(tài)過程中，TM 角質(zhì)形成細(xì)胞通過增殖的 CP 狀態(tài)，表現(xiàn)出側(cè)向遷移。為理解 TM 疾病和建立角質(zhì)形成細(xì)胞生物學(xué)模型奠定了基礎(chǔ)。

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