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【標題】皮膚駐留的先天性淋巴樣細胞聚集形成一種致病性效應子狀態
【平臺】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2021-02-03
【摘要】組織駐留的淋巴細胞（ILCs) 能夠維持屏障功能并對局部信號作出反應。ILCs 通常根據其特異性轉錄因子和細胞因子的表達分為 ILC1、ILC2 或 ILC3。在皮膚中，IL-23 相關細胞因子白介素（IL）-17 和 IL-22 對 IL-23 信號的疾病特異性產生會導致牛皮癬的皮膚炎癥。然而，尚不清楚此響應是由已確定的 ILC 啟動的，還是由細胞狀態轉換啟動的。研究人員發現由 IL-23 或咪喹莫特在小鼠中引起的牛皮癬會重置一系列的皮膚 ILC，并逐漸成為致病性 ILC3 樣狀態。在沒有循環 ILC 的情況下，駐留在組織中的 ILC 是推動病理發生的必要且充分條件。皮膚 ILC 的單細胞 RNA 測序（scRNA-seq) 圖譜在牛皮癬炎癥過程中形成了一個密集的轉錄連續體 - 即使在穩態 - 反映了流體 ILC 狀態，包括初始或靜止狀態和 ILC2 效應狀態。在疾病誘導后，連續體迅速轉移到一個混合的、類似 ILC3 的亞群，該亞群也表達 ILC2s 特有的細胞因子，研究人員推測這是通過多個軌跡產生的，通過體外實驗、轉座酶可及染色質的單細胞測序（scATAC-seq) 和體內命運圖譜，證實了靜態樣狀態和 ILC2 態的轉換潛力。這些結果突出了皮膚 ILC 反應的范圍和靈活性，表明在健康組織中引發的免疫活性可以動態地適應炎癥，如果不加以控制，就會推動病理重塑。
【標題】多癌種內腫瘤浸潤髓系細胞的單細胞轉錄圖譜
【平臺】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2021-02-04
【摘要】腫瘤浸潤性髓樣細胞（TIMs）是腫瘤進展中的關鍵調節因子，但是在不同腫瘤中其基本特性的相似性和區別仍然難以捉摸。該研究通過對來自 210 位患者的 15 種人類癌癥類型的單個髓樣細胞進行分析，確定了不同癌癥類型的 TIMs 的獨特特征。鼻咽癌中的肥大細胞與更好的預后相關，并且表現出具有高比例的 TNF + / VEGFA + 細胞的抗腫瘤表型。cDC1 和 cDC2 衍生的 LAMP3 + cDCs 的系統比較揭示了它們在轉錄因子和外部刺激方面的差異。此外，促血管生成的腫瘤相關巨噬細胞（TAMs）具有跨不同癌癥類型的多種標記物，并且 TIMs 的組成似乎與體細胞突變和基因表達的某些特征有關。該研究結果提供了高度異質性 TIMs 的系統視圖，并為合理，有針對性的免疫療法提出了未來的途徑。
【標題】早期復發性肝癌中生態系統的單細胞圖譜
【平臺】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2021-02-16
【摘要】肝細胞癌（HCC) 復發率高，5 年生存率低。復發性肝癌的單細胞圖譜可能有助于設計有效的抗癌療法，包括免疫療法。研究人員分析了 18 例原發性或早期復發肝癌患者的 17,000 個細胞的轉錄組。與原發腫瘤相比，在兩個獨立的隊列中，早期復發腫瘤的調節性 T 細胞水平降低，樹突狀細胞（DC) 增加，浸潤的 CD8+ T 細胞增加。值得注意的是，復發腫瘤中 CD8+ T 細胞過表達 KLRB1(CD161)，并表現出天然的低細胞毒性狀態，克隆性低，與原發性肝癌中觀察到的的經典耗竭狀態不同。這些細胞的富集與較差的預后有關。差異基因表達和相互作用分析揭示了復發腫瘤細胞中潛在的免疫逃避機制，這些機制抑制了 DC 抗原提呈，并招募了先天類 CD8+ T 細胞。該研究對 HCC 生態系統的全面描述提供了對與腫瘤復發相關的免疫逃避機制的更深入的了解。
【標題】膽管細胞類器官可以在人肝移植后修復膽管
【平臺】10X
【期刊】Science（IF=41.037）
【時間】2021-02-19
【摘要】類器官培養技術在再生醫學方面具有廣闊的前景，但尚未應用于人類。研究人員在膽管病的情況下使用膽管細胞類器官來解決這一挑戰，這是肝移植的一個關鍵原因。利用單細胞 RNA 測序，研究人員發現原代人膽管細胞表現出在器官培養中丟失的轉錄多樣性。然而，膽管細胞類器官仍然是可塑性的，當被移植回膽道樹時，它們會恢復體內的特征。然后，研究人員利用體外常溫灌注的人肝細胞植入模型來證明，這一特性允許肝外有機體修復移植后的人肝內導管。該研究結果為膽管細胞有機體可用于修復人膽管上皮提供了理論依據。
【標題】單細胞測序鑒定復發性多發性骨髓瘤耐藥途徑和治療靶點
【平臺】MARS-seq
【期刊】Nature Medicine（IF=30.64）
【時間】2021-02-22
【摘要】多發性骨髓瘤（MM）是一種以惡性漿細胞克隆性增殖為特征的漿細胞腫瘤性疾病。盡管進行了廣泛的研究，但對耐藥性患者內部和之間的疾病異質性的表征卻很少。在本研究中，研究人員進行了一項前瞻性，多中心，單向臨床試驗（NCT04065789），并結合縱向單細胞 RNA 測序（scRNA-seq）來研究 MM 耐藥機制的分子動力學。對接受含硼替佐米誘導方案治療后無反應或經歷早期復發新確診 MM 患者（41）的研究來評估達雷木單抗、卡非佐米、來那度胺和地塞米松聯合治療的安全性和有效性。主要臨床終點是安全性和耐受性。次要終點包括總體緩解率、無進展生存期和總體生存期。治療安全且耐受良好，獲得了有效而持久的療效。在預先進行的探索性分析中，對 41 例原發性難治性和早期復發患者與 11 例健康受試者和 15 例新診斷的 MM 患者進行了比較，發現了新的 MM 耐藥分子途徑，包括耐缺氧，蛋白折疊和線粒體呼吸，其適用于更廣泛的臨床人群（CoMMpass）。研究發現蛋白質折疊反應途徑的核心酶肽基脯氨酰異構酶 A（PPIA）是耐藥性 MM 的潛在治療新靶標。利用 CRISPR– Cas9 敲除 PPIA 或用小分子抑制劑（環孢菌素）抑制 PPIA 可顯著增強 MM 腫瘤細胞對蛋白酶體抑制劑的敏感性。該研究確定了在臨床試驗中整合 scRNA-seq 的路線圖，確定了高耐藥 MM 患者的特征，并發現 PPIA 是這類腫瘤的有效治療靶點。
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