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免疫治療 | 單細胞測序技術加速藥物研發!
發布時間:2021-04-25 瀏覽次數:6227
2019 年一項發表于 NatureMedicine 上的研究從 11 位診斷為基底細胞癌患者接受 PD- 1 抑制劑治療前后的組織標本中獲取 T 細胞進行 RNA 單細胞測序和 TCR 測序,以研究 PD- 1 抑制劑是否通過腫瘤浸潤 T 細胞的“再激活”或是通過招募新的 T 細胞到達腫瘤區域發揮抗腫瘤效應 [1]。

1、抗體藥 PD1/PDL1?

腫瘤浸潤性淋巴細胞(tumor infiltrating lymphocytes, TIL):浸潤在腫瘤內的淋巴細胞,以 T 細胞為主,也含有其他免疫細胞。由于里邊含有能夠識別殺傷腫瘤的 T 細胞(腫瘤反應性 T 細胞,tumor reactive T cells)而備受關注。阻斷 T 細胞抑制性檢查點受體的免疫療法已經改變了癌癥患者的臨床護理。然而 T 細胞對檢查點阻斷的反應是否依賴于預先存在的腫瘤浸潤淋巴細胞的再激活或新 T 細胞的募集尚不清楚。2019 年一項發表于 NatureMedicine 上的研究從 11 位診斷為基底細胞癌患者接受 PD- 1 抑制劑治療前后的組織標本中獲取 T 細胞進行 RNA 單細胞測序和 TCR 測序,以研究 PD- 1 抑制劑是否通過腫瘤浸潤 T 細胞的“再激活”或是通過招募新的 T 細胞到達腫瘤區域發揮抗腫瘤效應 [1]

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圖 ? 11 例患者治療前后所有腫瘤細胞聚類 [1]

這項研究的重點是免疫細胞,尤其是浸潤性免疫細胞,以及治療前后的變化,以了解克隆性 T 細胞對 PD- 1 抗體治療的反應。因此研究人員把所有的 33106 個腫瘤浸潤性 T 細胞做了個更細致的分類,包括表達 CD4 的調節性 T 細胞(Treg)細胞,濾泡輔助性 T(TFH)細胞,T 輔助細胞 17(TH17)細胞;以及表達 CD8 的 Naive T 細胞,記憶 T 細胞,效應記憶 T 細胞,活化 T 細胞,慢性活化 / 耗竭 T 細胞,中度耗竭 / 活化細胞。進一步分析發現,在 PD- 1 抗體治療之后,濾泡輔助性 T 細胞,以及活化,耗竭和耗竭 / 活化的 CD8 陽性 T 細胞的頻率增加,并且耗竭 T 細胞的克隆水平明顯更高。更讓研究人員感到意外的是,對于同一個患者而言,治療后記憶 T 細胞和效應 T 細胞頻繁轉換為活化狀態,但是治療前的耗竭 T 細胞卻沒有變成治療后的非耗竭表型。這表明,即使在 PD- 1 抗體治療后,已經耗竭的腫瘤浸潤 T 細胞也很難再變成活化狀態。此外,研究人員還觀察到一個有趣的現象,PD- 1 抗體治療后才出現的耗竭性 T 細胞表現出了新的 TCR 特異性。為了分析外周血中是否存在新發現的腫瘤浸潤性 T 細胞,研究人員給患者的血液樣品做了 TCR 測序,發現 35.5% 新腫瘤浸潤性 T 細胞可以在 PD- 1 抗體治療后的外周血中找到,而在治療前的外周血中只能找到 11.8% 的新腫瘤浸潤性 T 細胞,不過治療前的腫瘤里面卻沒有新腫瘤浸潤性 T 細胞。總的來說,與“冷”腫瘤相比,“熱”腫瘤之所以響應 PD- 1 抗體的治療,可能是由于“熱”腫瘤自身的特性,讓它能夠不斷吸引新 T 細胞進入,而不是重新激活已有的腫瘤浸潤性 T 細胞。這項研究讓我們對免疫檢查點抑制劑的作用機制有了新的認知,這對臨床治療和療效的檢測都有一定的價值和意義。

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圖 腫瘤浸潤性 T 細胞(左)、耗竭的腫瘤浸潤 T 細胞很難再變成活化狀態(中)以及治療后衰竭 CD8?+? T 細胞的克隆庫被新型克隆所取代(右)[1]


2、 細胞治療

目前,以 CD19 為靶點的 CAR- T 細胞治療已被證明對復發性、難治性 B 細胞惡性腫瘤如 B 細胞非霍奇金淋巴瘤(NHL)、急性淋巴細胞白血病(ALL)和慢性淋巴細胞白血病(CLL)有顯著的治療作用 [2]。雖然抗 CD19 CAR- T 細胞治療的早期結果令人欣喜,但是只有不到一半的患者出現了長期的緩解,這意味著大多數患者在接受治療后要么沒有反應要么出現了復發。CAR- T 細胞治療在不同患者中出現的這些差異的原因到底是什么?2020 年 10 月 5 日在線發表在《Nature Medicine》雜志上的文章探討了這一問題。對 24 例大 B 細胞淋巴瘤(LBCL) 患者輸注自體 CAR- T 細胞后,研究人員對 137,326 個殘留的細胞進行了全轉錄組 scRNA-seq?[3]

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圖 工作流程圖 [3]

比較全部恢復(CR) 患者和疾病進行 / 部分恢復(PR/PD) 患者輸注產物的細胞類型和功能狀態,研究人員發現 PR/PD 患者的輸注產物中衰竭的 CD8 和 CD4 T 細胞顯著富集,而 CR 患者的輸注產物中記憶 CD8 T 細胞顯著富集。CR 患者和 PR/PD 患者 CD8 T 細胞的差異表達基因(DEG)鑒定出 4 類細胞群,這些差異表達基因大多與 CD8 T 細胞的激活和衰竭有關,雖然每個細胞群都包含來自所有患者的細胞,但是來自 CR 患者的細胞的相對比例在各個細胞群之間存在顯著差異。CD4 T 細胞的 DEG 分析和聚類也表現出類似結果,不同的是增殖相關基因和周期細胞在 CR 患者的高頻細胞聚類中表達較高。由此強調了與臨床療效相關的 CAR- T 細胞輸注產物細胞的重要轉錄特征。研究表明輸注的 CAR T 細胞產物的細胞和分子多樣性是導致經抗 CD19-CAR- T 細胞治療的 LBCL 患者療效和毒性差異的主要因素,與輸注產物相關的可量化表型可通過在其產生過程中富集所需的、或消除不期望的細胞群體或功能狀態而發揮作用。對離散細胞群導致反應不良或高毒性的機制的了解,可能有助于發現治療干預的途徑,從而提高療效,降低 CAR- T 細胞輸注后的毒性。

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圖 CD8T 細胞細分及功能富集 [3]

參考文獻:

[1]. Li X, Wang M, Xiang R. Clonal replacement of novel T cells: a new phenomenon in the tumor microenvironment following PD-1 blockade[J]. Signal Transduction and Targeted Therapy, 2019, 4:43.

[2]. Neelapu Sattva S, Locke Frederick L, Bartlett Nancy L, et al. Axicabtagene Ciloleucel CAR T-Cell Therapy in Refractory Large B-Cell Lymphoma[J]. New England Journal of Medicine, 2017, 377:2531-2544.

[3]. Deng Qing, Han Guangchun, Puebla-Osorio Nahum, et al. Characteristics of anti-CD19 CAR T cell infusion products associated with efficacy and toxicity in patients with large B cell lymphomas[J]. Nature Medicine, 2020, 26:1878-1887.


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