項目新文|基于GEO、TCGA數(shù)據(jù)庫研究MARC2抑制肝細胞癌進展的機制：“新型線粒體酰胺肟還原成分2是癌癥的有利指標，通過調(diào)節(jié)p27的表達來抑制肝細胞癌的進展”文獻伯豪生物客戶解讀。

前面我們有介紹了利用10x Space Ranger軟件分析空間轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)得到可用于下游分析的矩陣和鏡像文件。今天來介紹一下怎么利用Space Ranger的結(jié)果文件進行后續(xù)分析，這里主要使用Seurat在進行下游分析。

前期軟文我們整理了單細胞核測序（snRNA-seq）相對于單細胞測序（scRNA-seq）的一些優(yōu)勢，包括細胞類型多樣性，酶解偏好性，樣本類型（冰凍或者新鮮樣本），酶解產(chǎn)生的應(yīng)激性等方面。涉及的組織主要集中在腦，腎臟和心臟。其實，snRNA測序還有其他的優(yōu)勢，比如可以更好的研究基質(zhì)內(nèi)嵌的間充質(zhì)細胞；減少線粒體相關(guān)基因，管家基因的檢測；以及可以識別更多的lncRNAs。

10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)跑完Space Ranger之后都會生成單個樣本的cloupe.cloupe文件，這個文件可以用Loupe Browser來對單個樣本進行可視化，Loupe Browser操作簡單、結(jié)果直觀，非常適合不太會寫代碼的老師或同學(xué)來自己挖掘數(shù)據(jù)。

本期的主題是胃腸道腫瘤，為大家搜集了RNA m6A修飾的相關(guān)研究，樣本類型有全血、細胞和組織。其中全血樣本的研究主要為了尋找標志物，而細胞和組織通常會結(jié)合出現(xiàn)，以便進行深入的機制研究。

伯豪生物通過互聯(lián)網(wǎng)收集到8月單細胞測序相關(guān)文獻41篇（平均IF>9），于本文末列出單細胞測序文獻發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺等信息，伯豪生物隨機挑選了其中5篇，供大家查閱，以期望提供更多單細胞測序科研思路給科研領(lǐng)域內(nèi)的各位科研工作者。

伯豪生物單細胞測序常用研究方向分析，從客戶單細胞揭示胰腺導(dǎo)管腺癌（PDAC）的異質(zhì)性和惡化發(fā)展闡述單細胞測序的熱點及案例解讀，以圖文并茂的方式闡述了單細胞測序科研技術(shù)成果，編者寄希望通過單細胞測序的熱點及案例的解讀帶給讀者更加適合的科研視角。

轉(zhuǎn)眼8月已經(jīng)過去，伯豪生物為大家精心收集了以DNA甲基化研究為主題的較新研究成果，截止發(fā)文，伯豪生物8月以DNA methylation為關(guān)鍵詞檢索到文獻一共有536篇，伯豪生物精選了6篇作為重點分享DNA甲基化分析研究寄希望帶給讀者更多的DNA甲基化研究思路，包括帕金森、腸炎、婦科癌癥和植物發(fā)育等DNA甲基化內(nèi)容的研究等。

一般我們拿到10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的結(jié)果先看的肯定是web_summary網(wǎng)頁報告，因為從這個結(jié)果里面我們大概就能判斷你的數(shù)據(jù)好不好，不好的問題在哪里，數(shù)據(jù)到底能不能用等等。這里來詳細介紹一下怎么看10x 空間轉(zhuǎn)錄組web_summary網(wǎng)頁版報告。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)是在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，從RNA水平研究基因表達的情況。借助轉(zhuǎn)錄組學(xué)來研究腫瘤的發(fā)病機制，尋找用于腫瘤診斷和防治的生物標志物一直是腫瘤研究熱點，今天小編要和大家分享幾例轉(zhuǎn)錄組學(xué)在胃腸腫瘤中的應(yīng)用。