Q：circRNA 芯片實(shí)驗(yàn)的起始量是多少？

A：

Q：circRNA 芯片是如何做到能有效檢測(cè) circRNA 而非其母基因的？

A：circRNA 芯片主要基于 circBase 數(shù)據(jù)庫(kù)，我們?cè)谠O(shè)計(jì)的時(shí)候針對(duì) circRNA 的反向剪切位點(diǎn)進(jìn)行探針設(shè)計(jì)，保證每個(gè)探針能特異性能檢測(cè) circRNA，從而避免與母基因之間的冗余影響。

Q：circRNA 芯片適用于哪些物種？

A：目前我們有三款 SBC circRNA 芯片，可以用于檢測(cè)人、小鼠和大鼠的 circRNA 表達(dá)情況。

Q：circRNA 芯片的 circRNA 信息來(lái)源于哪些數(shù)據(jù)庫(kù)？

A：SBCcircRNA 芯片的 circRNA 信息主要來(lái)源于 circBase 數(shù)據(jù)庫(kù)，其中小鼠 circRNA 芯片包含了部分 SBC 測(cè)序來(lái)源的 circRNA，豐富了小鼠 circRNA 芯片的 circRNA 信息。

Q：伯豪客戶利用 circRNA 芯片發(fā)表了哪些文章？

A：伯豪做 circRNA 芯片的客戶相對(duì)較少，一般會(huì)選擇 ceRNA 芯片，因?yàn)?ceRNA 芯片除包含了 circRNA 芯片里面所有的信息外，還包含了 lncRNA 的信息，因此一般客戶相對(duì)來(lái)說(shuō)會(huì)選擇信價(jià)比更高的 ceRNA 芯片。利用 circRNA 芯片發(fā)表的文章詳見附件 【查看 】。

Q：circRNA 定量驗(yàn)證時(shí)，引物設(shè)計(jì)基于哪段序列？

A：由于 circRNA 特殊的環(huán)化結(jié)構(gòu)，且與母基因具有相同的序列信息，在設(shè)計(jì) RT-qPCR 引物時(shí)，我們建議將上下游引物設(shè)計(jì)在反向剪切位點(diǎn)的兩側(cè)，且產(chǎn)物應(yīng)包含反向剪切位點(diǎn)，如此能夠有效檢測(cè) circRNA 的表達(dá)量，避免 circRNA 母基因的冗余影響。具體詳見附件 【查看】。

Q：有哪些數(shù)據(jù)庫(kù)可用于查詢 circRNA 信息？

A：有很多在線數(shù)據(jù)庫(kù)可供參考，具體可以分為兩大類：信息查詢數(shù)據(jù)庫(kù)和功能研究數(shù)據(jù)庫(kù)。

（1）信息查詢數(shù)據(jù)庫(kù)：circBase、CIRCpedia；

（2）功能研究數(shù)據(jù)庫(kù)，可進(jìn)行 ceRNA 分析，蛋白編碼預(yù)測(cè)，RNA 結(jié)合蛋白預(yù)測(cè)等：circRNADb、starBase、deepBase、circ2Traits、circNet、Circular RNA Interactome。

Q：circRNA 有哪些研究方向？

A：circRNA 研究可分為 biomarker 研究和分子機(jī)制研究?jī)蓚€(gè)不同的方向。

由于 circRNA 表達(dá)穩(wěn)定、不易降解  、具有組織特異性、疾病特異性等特點(diǎn)，且血液中有豐富的表達(dá)，  因此使得 circRNA  成為理想的 Biomarker。

circRNA 分子機(jī)制的研究與 lncRNA 類似， circRNA 可作為 miRNA 的海綿吸附體影響 miRNA 對(duì)其下游靶基因的表達(dá)調(diào)控；circRNA 調(diào)控母基因的轉(zhuǎn)錄等生物學(xué)功能。此外，circRNA 翻譯成蛋白進(jìn)而調(diào)控細(xì)胞功能也是一個(gè)新的方向。

Q：如何預(yù)測(cè) circRNA 的生物學(xué)功能？

A：circRNA 的研究尚處于初級(jí)階段，很多功能還有待于進(jìn)一步研究，目前對(duì) circRNA 功能的預(yù)測(cè)主要有兩種方法：

（1）通過(guò)對(duì) circRNA 母基因的功能分析來(lái)推測(cè) circRNA 的功能，該功能預(yù)測(cè)主要基于 circRNA 調(diào)控母基因的原則；

（2）通過(guò) ceRNA 機(jī)制分析找到潛在的 circRNA-miRNA-mRNA 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，以 mRNA 的功能推測(cè) circRNA 的潛在生物學(xué)功能，該功能預(yù)測(cè)基于 ceRNA 機(jī)制。

Q：SNP 芯片的低限 DNA 起始量需要多少？

A：500ng。DNA 濃度不低于 55ng/μl，OD 260/280 值應(yīng)在 1.7～2.0 之間，A260/A230 > 1.5；RNA 應(yīng)該去除干凈；不含有其它個(gè)體或其它物種的 DNA 污染。

Q：Illumina zhonghua8 芯片多少個(gè)樣本起做？

A：8 或者 8 的倍數(shù)。

Q：SNP 芯片可以分析 CNV 嗎？

A：SNP 芯片可以通過(guò)判斷 SNP 探針以及周圍探針的信號(hào)強(qiáng)度是否為正常（2 份），來(lái)推測(cè) CNV 的發(fā)生與否。但 SNP 探針獲得信號(hào)強(qiáng)度的能力不如 CNV 探針（單態(tài)性探針），因此進(jìn)行 CNV 的檢測(cè)能力遜色于 Affymetrix CytoScan HD 等 CNV 芯片。

Q：miRNA 芯片實(shí)驗(yàn)的樣本起始量是多少？

A：

Q：miRNA 芯片適用于哪些物種？

A：對(duì)于常規(guī)物種如人、小鼠、大鼠可以選用 Agilent  的 miRNA 芯片，其他物種可以選用 Affymetrix 的 miRNA 芯片，該款芯片包含人、小鼠、大鼠在內(nèi)的 203 個(gè)物種的 miRNA 信息。

Q：做 miRNA 芯片，為什么血漿比血清的效果要好？

A：主要原因可以概括為以下幾點(diǎn)：

（1）EDTA 抗凝的離心力是可控的，而血液凝固就很難說(shuō)，因此血漿的可控性好；

（2）每個(gè)人血的凝血因子不一樣，且易出現(xiàn)溶血現(xiàn)象，因此血漿比血清可靠；

（3）血清的樣本之間的差別比較大，沒(méi)有血漿樣本那么穩(wěn)定；

（4）相較于血清，血漿包含了腫瘤細(xì)胞脫落的 miRNA 或其他組織釋放的 miRNA；因此血漿樣本的芯片數(shù)據(jù)相較于血清樣本其 CV 值更大，檢出率也更高。

Q：miRNA 芯片實(shí)驗(yàn)前，樣本 RNA 提取有什么注意事項(xiàng)？

A：使用試劑盒抽提 RNA 時(shí)，使用 total RNA 的抽提方法，而不是 miRNA 的抽提方法，而且在同一試驗(yàn)中，要使用同一種抽提方法，以便得到可比較的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

Q：伯豪客戶利用 miRNA 芯片發(fā)表了哪些文章？

A：miRNA 相對(duì)于其他非編碼 RNA，對(duì)其的研究起步的更早，技術(shù)更成熟，功能機(jī)制研究也更為透徹，發(fā)表的 miRNA 文章也相對(duì)較多，附件是伯豪客戶利用 miRNA 芯片發(fā)表的部分高分文章 【查看】

Q：為什么 miRNA 芯片篩選到的差異基因比較少？

A：主要可以從兩個(gè)方面來(lái)解釋，一是 miRNA 本身數(shù)量少，比如基于 miRBase V21 設(shè)計(jì)的 Agilent miRNA 芯片中，人的 miRNA 芯片包含 2549 個(gè) miRNA，小鼠的包含 1881 個(gè) miRNA，大鼠的僅包含 758 個(gè) miRNA；二是 miRNA 本身表達(dá)量低，miRNA 相對(duì)于 mRNA 來(lái)說(shuō)，其表達(dá)量要低得多，再加上樣本本身的屬性，因此會(huì)出現(xiàn)芯片篩選到的差異基因數(shù)很少的情況。

Q：miRNA 芯片的檢出率一般是多少？

A：檢出率與樣本的相關(guān)性很大，以人的樣本為例，組織和細(xì)胞的檢出率一般是 15-30%，血漿檢出率一般是 5 -12%，血清一般是 2 -10%。外泌體類樣本因?yàn)榉蛛x技術(shù)和實(shí)驗(yàn)的限制，以及外泌體來(lái)源的不同，檢出率波動(dòng)較大，1-30% 都有可能。

Q：miRNA 芯片有哪些高級(jí)分析內(nèi)容？

A：miRNA 芯片能做的高級(jí)分析其實(shí)不多，大多是基于與之相關(guān)的 mRNA 分析，miRNA 高級(jí)分析主要包括以下內(nèi)容：

Q：全外顯子測(cè)序可以檢測(cè)哪些類型的變異？

A：可以對(duì)單個(gè)樣本進(jìn)行 SNP、InDel 和 CNV 變異檢測(cè)，也可以對(duì)成對(duì)腫瘤樣本進(jìn)行體細(xì)胞 SNP、InDel、CNV 和 LOH 進(jìn)行檢測(cè)。

Q：全外顯子捕獲可以做 CNV 嗎？

A：由于外顯子測(cè)序有雜交捕獲的過(guò)程，這樣就會(huì)涉及捕獲效率。各外顯子的雜交效率不同，其同源競(jìng)爭(zhēng)的情況也不同，所以不同的外顯子的覆蓋率存在差異。一般情況下，外顯子測(cè)序不能用于 CNV 的檢測(cè)，但我們采用國(guó)際主流軟件和長(zhǎng)期優(yōu)化的分析方法可以針對(duì)單個(gè)樣本進(jìn)行 CNV 變異檢測(cè)。

Q：全外顯子測(cè)序的優(yōu)點(diǎn)是什么？

A：外顯子測(cè)序是全基因重測(cè)序的一個(gè)較為經(jīng)濟(jì)的替代手段，對(duì)研究基因的 SNP、Indel 等具有較大的優(yōu)勢(shì)。人的全基因組約 3G，外顯子占人全部基因序列的 1%。重測(cè)序一般需要測(cè) 30X，即 90G 數(shù)據(jù)，外顯子測(cè)序一般測(cè) 50-100 X，在實(shí)現(xiàn)較低成本的前提下對(duì)發(fā)生突變后較有可能影響功能改變的序列進(jìn)行針對(duì)性的研究，性價(jià)比高。

Q：FFPE 樣本可以做全外顯子測(cè)序嗎？

A：可以做，F(xiàn)FPE 10um 切片，至少 10 片。

Q：做全外顯子測(cè)序?qū)?DNA 樣本的要求？

A：組織或全血 DNA 質(zhì)量較好，要求主帶清晰，無(wú)降解，濃度大于 50ng/ul，總量大于 1ug，OD260/OD280 =1.8~2.0，OD260/OD230=1.5 ~2.2。

Q：全外測(cè)序的材料與方法中英文參考  

A：【查看】

Q：全外測(cè)序的位點(diǎn)注釋可分為哪幾部分？
A：

Q：全外測(cè)序可以檢測(cè)哪些類型的變異？

Q：全外測(cè)序結(jié)果中的捕獲效率、測(cè)序深度（Sequencing Depth）及覆蓋度（coverage）分別指什么？

A：捕獲效率，指比對(duì)到目標(biāo)區(qū)域的有效數(shù)據(jù)量占總的數(shù)據(jù)量的比例。捕獲效率的高低不影響數(shù)據(jù)質(zhì)量，只影響數(shù)據(jù)的有效比例。捕獲效率越高代表數(shù)據(jù)的利用率也越高。

測(cè)序深度（Sequencing Depth）是測(cè)序得到的堿基總量（bp）與基因組大小的比值。    

覆蓋度（coverage）是目標(biāo)區(qū)域被覆蓋到的比率，一般外顯子的覆蓋度都可以達(dá)到 95% 以上；隨著測(cè)序深度的增加，覆蓋度也會(huì)增加。

Q：上海伯豪生物技術(shù)有限公司的由來(lái)？

A：2008 年 上海國(guó)家工程研究中心 根據(jù) 國(guó)內(nèi)外研發(fā)外包發(fā)展的需要，整合旗下系統(tǒng)化技術(shù)平臺(tái)、商業(yè)化服務(wù)體系、高素質(zhì)服務(wù)團(tuán)隊(duì)等資源成立的致力于研發(fā)外包服務(wù)公司，即上海伯豪生物技術(shù)有限公司。

Q：上海伯豪生物技術(shù)有限公司服務(wù)群體有哪些？

A：科研工作人員 / 臨床工作人員，兩大市場(chǎng)主體。（主要提供服務(wù)：基因檢測(cè)、基因編輯、基因測(cè)序、生信分析等）。

Q：上海伯豪生物技術(shù)有限公司提供哪些服務(wù)？

A：伯豪生物主要提供：基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀組、微生物組、蛋白質(zhì)組、生信息分析、代謝組、功能組等生命科學(xué)多組學(xué)技術(shù)服務(wù)及配套相關(guān)服務(wù)。如：基因測(cè)序服務(wù)、基因編輯服務(wù)、基因芯片服務(wù)、生信分析服務(wù)、試劑耗材服務(wù)等。

Q：上海伯豪生物技術(shù)有限公司的簡(jiǎn)稱是？

A：伯豪生物、上海伯豪、上海伯豪生物、SHBIO 等。

Q：上海伯豪生物技術(shù)有限公司成立于哪年？

A：2008 年 12 月 16 日。