5 月份單細胞測序相關文獻共收集到 51 篇（IF>9），文末列出文獻發表期刊、研究方向和技術平臺等信息，接下來看看其中 5 篇文章。
文章展示
【標題】宿主病毒感染圖譜顯示出 COVID-19 嚴重患者的特征
【平臺】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-05-08
【摘要】正如當前的 COVID-19 大流行所展示的那樣，病毒會對全球健康造成嚴重威脅。目前，缺乏有關人類宿主如何與病毒（包括 SARS-CoV- 2 病毒）相互作用的數據，限制了有效的治療干預。研究者介紹了 Viral-Track 的計算方法，它可以全局掃描單細胞 RNA 測序（scRNA-seq）數據以確定病毒 RNA 的存在，從而實現受感染細胞與周圍細胞的分類。作者展示了 Viral-Track 的敏感性和特異性，以無監督的方式系統地從多種感染模型（包括乙型肝炎病毒）中檢測病毒。將 Viral-Track 應用于重度和輕度 COVID-19 患者的支氣管肺泡灌洗樣本，發現與輕度患者相比，病毒對重度患者免疫系統的影響顯著。Viral-Track 檢測到一種人偏肺病毒的聯合感染，主要存在于受 I 型干擾素（IFN）信號干擾的單核細胞中。Viral-Track 為剖析病毒感染和病理機制提供了強有力的技術。
【標題】恢復期患者 B 細胞單細胞測序鑒定出 SARS-CoV- 2 中和抗體
【期刊】Cell（IF=36.2）
【平臺】10X
【時間】2020.05.18
【摘要】COVID-19 大流行急需治療和預防措施。本文報道了用高通量單細胞 RNA 和 VDJ 測序法快速鑒定 60 例 SARS-CoV- 2 中和抗體的方法。從 8558 個抗原結合 IgG1+ 克隆型中，鑒定出 14 種有效的中和抗體，其中較有效的一種 BD-368- 2 對假型和真型 SARS-CoV- 2 的 IC50 分別為 1.2 和 15ng/mL。BD-368- 2 對 SARS-CoV- 2 感染的 hACE2 轉基因小鼠也有很強的治療和預防作用。還發現抗體的抗原決定基與 ACE2 結合位點重疊。作者還證明，根據預測的 CDR3H 結構與 SARS-CoV 中和抗體的相似性，可以直接選擇 SARS-CoV- 2 中和抗體。綜上所述，通過高通量的單 B 細胞測序，可以有效地發現人類中和抗體，以應對大流行性傳染病。
【標題】在組織中的特定細胞亞群中檢測到 SARS-CoV- 2 受體 ACE2
【平臺】10X
【期刊】Cell (IF=36.2)
【時間】2020.05.28
【摘要】SARS-CoV- 2 是導致 COVID-19 發病的重要病毒，了解其發病機制已迫在眉睫。SARS-CoV- 2 刺突蛋白結合血管緊張素轉換酶 2（ACE2），與宿主蛋白酶（主要是跨膜絲氨酸蛋白酶 2（TMPRSS2）協同促進細胞進入。SARS-CoV- 2 在宿主組織中靶向的細胞亞群和調控 ACE2 表達的因子尚不清楚。作者利用健康和疾病的人、非人類靈長類和小鼠單細胞 RNA 測序（scRNA-seq）數據集，在組織常駐細胞亞群中發現 SARS-CoV- 2 的假定靶點。作者鑒定了肺 II 型肺細胞、回腸吸收性腸細胞和鼻杯狀分泌細胞中 ACE2 和 TMPRSS2 共表達細胞。值得注意的是，作者發現 ACE2 是一個體外使用氣道上皮細胞的人干擾素刺激基因（ISG），并將作者的發現擴展到體內病毒感染。數據表明，SARS-CoV- 2 可以利用物種特異性干擾素驅動的 ACE2 上調（肺損傷期間的組織保護介質）來增強感染。
【標題】人腦癌單細胞圖譜顯示侵襲組織白細胞的腫瘤特異性指示
【期刊】Cell (IF=36.2)
【時間】2020-05-22
【摘要】腦惡性腫瘤可以起源于中樞神經系統（膠質瘤），也可以從身體的其他部位侵入（轉移瘤）。高度免疫抑制腫瘤微環境（TME) 影響腦腫瘤的生長。目前尚不清楚 TME 主要是由中樞神經系統微環境或惡性腫瘤本身形成的，同樣不清楚的還有中樞神經系統腫瘤相關巨噬細胞（CNS tumor-associated, TAMs) 的多樣性、起源和功能。本文中，研究人員使用高維單細胞分析（CyTOF) 繪制了腦腫瘤的白細胞圖譜。僅 TME 內組織駐留細胞和入侵免疫細胞的不均勻組成，就清楚地區分了膠質瘤和腦轉移瘤（BrM)。膠質瘤 TME 主要表現為組織駐留的反應性小膠質細胞，而組織浸潤性白細胞在 BrM 中積累。組織侵襲 TAMs 表現出獨特的特征軌跡，揭示了腫瘤驅動的指令以及對比鮮明的淋巴細胞激活和衰竭。明確腦腫瘤的特異性免疫特征，有利于合理設計靶向免疫治療策略。
【標題】人類骨骼肌圖譜確定了干細胞、祖細胞及人類多能干細胞的軌跡
【平臺】Drop-seq
【期刊】Cell Stem Cell (IF=21.5)
【時間】2020.05.10
【摘要】人類骨骼肌發生的發展軌跡以及祖細胞和干細胞狀態之間的轉換尚不清楚。作者使用單細胞 RNA 測序來構建人胚胎、胎兒和產后階段骨骼肌組織的圖譜。在 silico 中，作者確定了肌源性和其他細胞類型，并構建了人類骨骼肌個體發育的“路線圖”。以類似的方式，作者還分析了人類多能干細胞（hPSC），并將 hPSC 衍生的肌源性祖細胞映射到胚胎到胎兒的過渡期。作者發現共同調節的基因網絡和轉錄因子存在于不同的肌生成階段。這項工作為提高對人類肌肉生成的認識提供了資源。這也為進一步了解 hPSC 來源的肌源性祖細胞在骨骼肌再生醫學中的轉化應用提供了工具。
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