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轉眼 10 月已經過去，又到了小編為大家分享 DNA 甲基化研究成果的時候了~ 10 月以 DNA methylation 為關鍵詞檢索到的文獻一共有 619 篇，小編在這里為大家精心挑選了以下 6 篇作為重點分享內容。主要通過 850K、WGBS 和捕獲測序等研究胰腺導管腺癌、帕金森、膽囊癌、膀胱癌、自閉癥、小兒自閉癥中 DNA 甲基化修飾的影響等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文獻和高分綜述的研究方向、登刊時間、技術平臺和摘要等信息，讓您不用再費時費力搜索，就能輕松獲取 10 月新的 DNA 甲基化研究成果和動態，平均 IF>10。
標題：胰腺導管腺癌中發現重復元件的低甲基化與導管起源細胞的內源 IFN 過程相關
時間：2020/10/15
單位：德國癌癥研究中心
期刊：Cancer Discov 29.497
平臺：WGBS、850K、RNA-seq、Illumina 982 HumanHT12v4 BeadChips
摘要：胰腺導管腺癌（PDAC）具有廣泛增生的特征，這對大塊腫瘤樣品的分子分析具有一定的挑戰性。在這里，作者從人 PDAC 和正常胰腺中用 FACS 純化了上皮細胞，并獲得了其轉錄組和 DNA 甲基化組數據?；?DNA 甲基化的聚類揭示了兩種不同的 PDAC 類型，它們在編碼重復元件的區域顯示出不同的甲基化模式。腫瘤的低甲基化程度特征在于內源性逆轉錄病毒（ERV）轉錄本和 dsRNA 傳感器的表達較高，從而導致細胞內干擾素標記（IFN sign）的內在激活。這會導致促腫瘤的微環境和患者不良預后的形成。正常導管和腺泡胰腺細胞分別具有 Methylationlow / IFNsignhigh 和 Methylationhigh / IFNsignlow PDAC 細胞保留譜系的特征。此外，導管來源的 KrasG12D / Trp53-/- 小鼠 PDAC 比腺泡來源的 PDAC 細胞顯示出更高的 IFN sign 含量。總體而言，作者發現人類 PDAC 具有兩種不同起源和病因，侵襲性的 Methylation low / IFN sign high 亞型可能會通過阻斷內源性 IFN 信號的藥物靶向作用。
標題：帕金森病神經元的表觀基因組學分析確定 Tet2 丟失具有神經保護作用
時間：2020/10/17
單位：范安德爾研究所
期刊：Nat Neurosci 20.071
平臺：甲基化探針捕獲測序、RNA-seq
摘要：帕金森氏?。≒D）發病機制可能涉及修飾神經元功能的增強子的表觀遺傳調控。在這里，作者全面檢查了 PD 患者和對照組個體神經元中全基因組增強子的 DNA 甲基化。作者發現在 PD 神經元的增強子上胞嘧啶修飾廣泛增加，部分原因是由于羥甲基化水平升高。PD 患者表現出 TET2 的表觀修飾和轉錄上調，TET2 是胞嘧啶修飾狀態的主要調節劑。TET2 缺失的神經元細胞模型中發現胞嘧啶修飾發生變化，并且與 PD 神經元中觀察到的結果相反。此外，小鼠中的 Tet2 失活可完全恢復由先前炎癥引起的黑色素多巴胺能神經元的缺失。Tet2 缺失也減弱了由炎癥觸發的轉錄免疫反應。因此，PD 神經元中增強子的廣泛表觀遺傳失調可能部分是由于 TET2 表達增加介導的。綜上，Tet2 活性的降低在體內具有神經保護作用，并且可能是 PD 治療的新靶標。
標題：在表觀基因組范圍內分析膽結石疾病，發育異常和膽囊癌的甲基化變化
時間：2020/10/5
單位：海德堡大學
期刊：Hepatology 14.679
平臺：850K 芯片
摘要：膽囊癌（GBC）是膽道惡性程度很高的惡性腫瘤。GBC 的大多數病例發生在低收入和中等收入國家，目前對該疾病的研究一直很有限。因此，在本研究中，作者以全球 GBC 發病率高的國家智利為研究對象，以 GBC 發病模式為膽結石病→異型增生→GBC 的順序研究表觀遺傳的改變。作者通過 850K 芯片檢測膽囊組織的 FFPE 切片，并進行 EWAS 分析。通過對 82 個樣本（膽結石 n = 32，低度異型增生 n = 13，高度異型增生 n = 9，GBC n = 28）的數據分析鑒定了差異甲基化位點，區域和途徑以及 CNV 的變化。表觀遺傳變化的數量和幅度隨著疾病的發展而增加，并且主要涉及 CpG 島和基因啟動子區域的超甲基化。與 Wnt 信號通路、Hedgehog 信號通路和腫瘤抑制相關的基因甲基化程度隨腫瘤級別增加而增加。CNV 也隨著 GBC 的發展而增加，并影響 CDKN2A，MDM2，TP53 和 CCND1。在 14% 的 GBC 樣本中檢測到 ERBB2 的增加。作者的結果表明，GBC 的癌變包括三個主要的甲基化階段：早期（膽結石病和低度發育不良），中期（高度發育不良）和晚期（GBC）。綜上，甲基化和 CNV 的逐步鑒定可能有助于增進我們對這種侵襲性疾病潛在機制的了解，并改善 GBC 的治療和早期診斷條件。
標題：通過全基因組甲基化測序對小兒髓母細胞瘤腦脊液中 cfDNA 進行可信的腫瘤檢測
時間：2020/10/16
單位：德州農工大學
期刊：Sci Adv 13.116
平臺：WGBS、hMeDIP-seq
摘要：小兒腦惡性腫瘤常見的形式是髓母細胞瘤（MB），其致癌突變的頻率較低，但 DNA 甲基化變化異常明顯。通過液體活檢對 ctDNA 進行表觀遺傳學分析提供了一種實時監測腫瘤狀態而無需進行腫瘤解剖的方法。在這項研究中，與正常小腦相比，作者鑒定了 MB 腫瘤中 6598 個差異甲基化的 CpGs，以及從匹配的腦脊髓液（CSF）分離的 ctDNA，可用于檢測 MB 腫瘤的發生并確定其亞型。此外，CSF 樣品中的 DNA 甲基化變化可用于監測治療反應和腫瘤復發。作者將本次研究數據與大型公共數據集整合研究發現，在 ctDNA 中鑒定出了可信的 MB DNA 甲基化標記物，這些標記具有潛在的診斷和預后價值。作者的研究為利用腦脊液表觀遺傳標記改善 MB 患者的臨床管理奠定了基礎。
標題：尿液 DNA 甲基化檢測使膀胱癌的早期檢測和復發監測成為可能
時間：2020/10/26
單位：中山大學
期刊：J Clin Invest 11.864
平臺：甲基化捕獲測序
摘要：當前膀胱癌（BCa) 檢測和監測的背景方法通常是有創的或敏感性和特異性欠佳，特別是在早期腫瘤中。作者開發了一種高效的方法，稱為 utMeMA，用于檢測尿液腫瘤多個基因組區域的 DNA 甲基化。作者通過結合中山紀念醫院（SYSMH)、腫瘤基因組圖譜（TCGA) 和基因表達綜合數據庫（GEO) 的隊列分析，鑒定了 BCa 特異性甲基化標記。在回顧性隊列中（n = 313) 建立 BCa 診斷模型，并在多中心前瞻性隊列中（n = 175) 進行驗證。作者通過聯合分析初次發現了 26 個 BCa 顯著的甲基化標志物。作者建立并驗證了一個基于 2 個標志物的診斷模型，該模型能夠以較高的準確率（86.7%)、敏感性（90.0%) 和特異性（83.1%) 對 BCa 患者進行鑒別。此外，基于 utMeMA 的檢測在尿液細胞學和 FISH 檢測方面有很大的提高，特別是在早期、Ta 期和低級別腫瘤的檢測方面。綜上，尿液 DNA 甲基化評估用于 BCa 早期診斷、微量、殘留腫瘤檢測和監測是一種快速、高通量、無創、有前景的方法，可減少膀胱鏡檢查負擔和盲二次手術。
標題：新生兒臍帶血 DNA 甲基化反映了早期神經發育和 x 連鎖基因的失調
時間：2020/10/14
單位：美國加州大學戴維斯分校
期刊：Genome Med 10.675
平臺：WGBS
摘要：自閉癥譜系障礙（Autism spectrum disorder, ASD) 是一種神經發育障礙，遺傳復雜，男性患病率較高。新生兒表觀基因組可能會反映早期發育過程中遺傳和環境因素之間的相互作用，并影響未來的健康結局。作者對 152 個臍血樣本進行全基因組亞硫酸鹽測序，這些樣本來自 MARBLES 和 EARLI 高家族風險前瞻性隊列，以確定出生時 ASD 的表觀基因組特征。樣本被分為發現組和驗證組，并按性別分層，通過他們的 DNA 甲基化譜測試 ASD 和正常發育的對照臍帶血樣本之間的差異甲基化區域（DMRs)。DMRs 被定位到基因上，評估其在基因功能、組織表達、染色體位置以及與先前 ASD 研究重疊方面的豐富程度。通過檢測 DMR 位置在染色質狀態和轉錄因子結合基序的富集，結果在發現組和復制組之間以及在男性和女性之間進行比較。作者確定了按性別分層的 DMRs。在區域水平上，男性 7 個 DMR 基因和女性 31 個 DMR 基因在兩組獨立受試者中得到驗證，而男性 537 個 DMR 基因和女性 1762 個 DMR 基因通過基因關聯存在重疊。這些 DMR 基因在 ASD 患者死后腦的腦和胚胎表達、X 染色體定位和鑒定中顯著富集。在男性和女性中，常染色體 ASD DMRs 在大多數細胞類型中的啟動子和二價染色質狀態顯著富集，而 x 連鎖 ASD DMRs 在性別上存在差異。這些在臍帶血中發現的 DMRs 顯著富集到與胎兒腦發育相關的甲基敏感轉錄因子結合位點。出生時，在診斷 ASD 之前，臍帶血在與早期胎兒神經發育相關的調節區域和基因上檢測到一個明顯的 DNA 甲基化特征。ASD 脊髓的差異甲基化支持 ASD 的發育性和性別偏倚的病因學，并為早期診斷和治療提供了新的見解。
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